Выездные проверки организаций, ведущих добычу ископаемых в рамках соглашений, проводятся с учетом особенностей, указанных в ст. 346.42 НК РФ. Проверяться может только период, когда действовало соглашение с учетом остальных ограничений, касающихся выездных проверок. Инвестор или оператор обязан хранить первичную документацию на протяжении действия соглашения. Граничный срок проверки не может превышать шесть месяцев. Если же налогоплательщик имеет филиалы и представительства, то для проверки каждого из них может быть добавлен еще месяц.